El CD San Juan cumple hoy 65 años. Todo surgió en 1952 en el antiguo bar La Perla de los hermanos Pepe y Manolo Cárdenas Villegas, situado en la calle Dos Plazas (hoy Banco Popular). Allí, en una pequeña habitación se reunieron varias personas que hablaron de fundar un equipo de fútbol al cual se le puso el nombre de CD San Juan. Entre ellos se encontraban Joaquín Gutiérrez Navarro, Manuel Barrera Bueno y José Martín Tirado, a la sazón fundadores. Se nombró a Joaquín Gutiérrez Navarro como entrenador y a Dámaso Bueno Villasante como presidente.

Así el 13 de septiembre de 1953 se presentó en sociedad el nuevo club jugando su primer partido frente al Racing Club Portuense de Huelva. Además, sirvió también para inaugurar el campo de fútbol llamado Miramar, acontecimiento que levantó una gran expectación. El cuadro local alineó a Estevita; Gerardo, Gil, Ramos; Pepín, Santos; Matías, Quintero, Martín, Rivera y Fernández. El partido finalizó con el resultado de 2-1 a favor de los locales con tantos de Matías y Martín.

Entre los asistentes al partido se encontraban María Luisa Fernández, Petrita Márquez y Rosita Pastor, las cuales fueron invitadas al centro del campo haciendo el saque de honor, la primera convirtiéndose así en la madrina.

A este partido le siguieron otros muchos, hasta que en 1955-56 llegó a la presidencia Eloy Márquez Delgado, quien puso en marcha actos encaminados a recaudar fondos para sufragar los gastos que originaba la competición. Esta primera temporada el equipo sanjuanero concluyó en segundo lugar de siete equipos participantes, por detrás de La Palma. A lo largo de estas seis décadas y media, salieron jugadores que han militado en categoría nacional como Rodríguez III (R. Huelva, Betis Córdoba, Hospitalet y Gandía), Andrés Tejero (R. Huelva, Iliturgi), Rafael Blanco (R. Huelva, Iliturgi) José Martínez 'Visera' (Badajoz, R. Huelva), Juan Ángel (R. Huelva, P. Almería).

Desde 2016, José Luis Pérez Muñoz es el encargado de dirigir la nave sanjuanera, siendo el decimonoveno presidente de la entidad deportiva de San Juan del Puerto. Mientras que José Antonio Rodríguez Onieva es el vigésimo segundo entrenador del Club Deportivo San Juan en sus 65 años de historia.