La Hermandad Sacramental de Pasión fue fundada el 23 de octubre de 1536. A lo largo de su historia hay relevantes aportaciones patrimoniales para el culto, como es la que hace el presbítero Antonio Jacobo del Barco, en su testamento abierto el 26 de junio de 1783, que deja encargado el culto al Santísimo en la Octava del Corpus.

La cofradía necesita un nuevo impulso en el siglo XIX y es reorganiza el 15 de enero de 1843 y están al frente los presbíteros Francisco de Paula Monís y Francisco Ramos Carrasco.

En lo eucarístico hay otra aportación especialmente importante en la parroquia que va más allá de la propia hermandad sacramental y es con la presencia del beato Manuel González García quien crea, en 1910, en el sagrario de esta parroquia la Obra de las Marías de los Sagrarios Calvarios, que alcanza enseguida extraordinaria difusión en toda la Iglesia; quedando constituida más tarde la Pía Unión de las Marías de los Sagrarios Calvarios y la comunidad de Hermanas Nazarenas, también fundada por el beato Manuel González.

En este culto al Santísimo hay que destacar durante todo momento la presencia de la Hermandad Sacramental de San Pedro que terminará fusionándose con la hermandad de penitencia del Señor de Pasión. En 1951 cuando se acuerda promover la fusión y se promueve la creación de la Archicofradía del Santísimo Sacramento y la Real e Ilustre Hermandad de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús de la Pasión y María Santísima del Refugio. Se dice entonces que "esta cofradía única asume y disfruta de las preeminencias, precedentes y privilegios y cumplirá las obligaciones de todo género de ambas, Sacramental y Pasión, y estará sujeta además a unas bases dadas por el ilmo. señor vicario de la Diócesis". Esa fusión tiene poco tiempo de vida, en 1952 queda suspendida. Habrá que esperar más de treinta años para promover de nuevo la fusión de ambas hermandades, al entenderse "conveniente la actividad asociada eucarística en la parroquia. Todo queda aprobado en 1987, por decreto del obispo Rafael González Moralejo y promovido por el párroco Felipe Fernández Caballero. Una fecha que este año se une en su 25 aniversario a los 475 fundacionales.

En la historia sacramental de la parroquia de San Pedro hay que destacar los cultos del Jueves Santo. La primacía de la parroquia de San Pedro se hacía notar no sólo por el espléndido sagrario donado en el siglo XVIII, sino por el cuidado del Monumento en el que se instalaba. Se trata de una pieza excepcional de la orfebrería indiana, que es lo más destacado del tesoro artístico de la parroquia. Un regalo que hicieron los hermanos Manuel Policarpo de Torres y Esquivel y Antonio Nerio de Torres y Esquivel, realizada en el reino de la Nueva España, en la ciudad de Los Ángeles, el 3 de mayo de 1744.

Esto llevará con el tiempo a nuevas mejoras en 1784, el presbítero Juan Agustín de Mora Negro y Garrocho, autor de Huelva Ilustrada, dona a la parroquia de San Pedro una custodia procesional o de asiento. Con este motivo se mejorará el monumento y en 1785 se recibe uno nuevo realizado por el tallista sevillano José María Rodríguez. Un monumento con las dimensiones oportunas par contener la custodia de plata donada por Juan Agustín de Mora, que contribuye económicamente a la mejora del monumento.

Aquella custodia, que sustituye a la donada por el presbítero Juan González Notario, de 1725, es incautada en el requiso de la plata con ocasión de la invasión francesa y es entonces cuando se promueve la creación de otra nueva, de 1861, a instancias de la Hermandad Sacramental y en la que colabora S. M. la Reina doña Isabel II. Es la custodia que se conoció hasta su destrucción en 1936, en el asalto a la parroquia mayor de San Pedro acaecido en la Guerra Civil de 1936. Hoy tan solo se conservan algunas piezas que siguiendo las fotografías existentes es fácilmente reproducible.

La parroquia dejó de contar con su custodia al crearse la Diócesis, en 1954, que pasa a estar ubicada en la catedral; una custodia realizada por suscripción popular y bendecida en la víspera del Corpus Christi de 1952.