Como todo trabajo de campo, las complicaciones son abundantes. Según cuenta Mª Reyes, "el estudio en el que acabamos de sumergirnos, al igual que en la investigación inicial, los factores a estudiar son numerosos, cambiantes e impredecibles por lo que las interpretaciones están sometidas a continuas modificaciones, algo que dificulta mucho el trabajo". Además de esto, los factores a estudiar son numerosos "si se quiere que las conlusiones sean fiables y completas". Por un lado tienen que estudiar los factores de suelo, "importante como base para nuestros supuestos". Para esta tarea, el equipo realiza calicatas en el terreno de estudio, es decir, huecos en la tierra de maneta que se puedan analizar las distintas capas del suelo, además de analizar otras variables muy importantes como la temperatura o la humedad, esta última muy importante en influyente en el estado de las encinas y por tanto de sus frutos. Otra de las variables entrópicas más difíciles de determinar es el clima, "por sus continuos cambios e impredecibilidad, pero esencial para conseguir nuestras metas". Para realizar este complicado estudio, los investigadores colocan estaciones meteorológicas repartidas por el terreno de manera estratégica, aparatos que recogen datos como la temperatura del ambiente, la humedad, las lluvias o la sequedad, factores claves que determinan enormente la fructificación de las encinas, "por lo que necesitamos determinar cuál es esta influencia concreta para poder desarrollar el modelo".

Aunque, a primera vista, parezca que con estos estudios, los datos son suficientes, no hay nadamás lejos de la realidad. Los anteriores son factores globales. El segundo paso es estudiar los locales, como la climatología habitual de cada ubicación o el crecimiento exacto del árbol y su estado interior, "ya que estas variables influyen enormemente en la producción de bellota y en su calidad y, por tanto, en el mercado del jamón de bellota, muy importante para la economía onubense. Si conseguimos predecir la fructificación, el mercado del jamón de bellota reduciría mucho sus pérdidas".

Con todo, estos científicos comienzan su trabajo de laboratorio donde analizan las muestras y las agrupan en programas informáticos, intentando sacar conclusiones con las que poder adivinar los designios de la naturaleza.