El apartado en el que más tajante se muestra la Unesco es en lo relativo al dragado del río Guadalquivir. En el escrito, urge al Estado a que "paralice cualquier obra relacionada con el proyecto 'Acciones para mejorar el acceso marítimo al Puerto de Sevilla, de 1999' y le insta a que "no autorice el dragado del río Guadalquivir tal y como aparece propuesto en dicho plan, ya que podría tener un impacto crítico en el Valor Universal Excepcional del Bien" (Doñana).

La opinión de la Unesco se ha visto reforzada por la decisión de la Comisión Europea (CE), que ha iniciado un procedimiento de infracción y ha solicitado al Gobierno español explicaciones sobre el dragado de profundización del Guadalquivir, que promueve la Autoridad Portuaria de Sevilla, ante "los indicios de incumplimiento de la normativa ambiental europea y los riesgos para la conservación de Doñana, el estuario del río y el Golfo de Cádiz", según desveló la organización ecologista WWF.

Esta decisión llega, según esta fuente, después de que la propia organización se quejara ante la CE de la intención manifestada en la pasada primavera por la Autoridad Portuaria de Sevilla de realizar el dragado a pesar de no contar para ello con la autorización del Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente. WWF dice que la CE ha preguntado a las autoridades españolas acerca de la "compatibilidad" del dragado con "el Derecho medioambiental aplicable de la UE a la vista del Dictamen de la Comisión Científica de Doñana", y se ha sumado a las entidades que, como la Unesco, Ramsar, la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza y el Consejo de Europa han expresado sus "dudas" respecto a este proyecto.

La Unesco subraya en el texto de su sexta recomendación que "en caso de que no se deniegue la autorización, el dragado sea sometido a una nueva evaluación de impacto ambiental, rigurosa y completa, que tenga en cuenta los acuerdos y decisiones del ex Patronato del Parque Nacional y los resultados de estudios recientes". Y cita, entre otros, "el del informe científico titulado 'Propuesta metodológica para diagnosticar y pronosticar las consecuencias de las actuaciones humanas en el estuario' llevado a cabo por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas.

La recomendación insta al Estado a abordar la gestión del río con un enfoque integral, haciendo uso del enfoque por ecosistemas. Ello debería conducir, a su juicio, "a recuperar las llanuras mareales, reconectar los brazos del río con el cauce principal, aumentar y mejorar los aportes de caudales de agua dulce y reducir los aportes de sedimentos y pesticidas".

El texto insiste en que la gestión integral de la cuenca otorgue una alta prioridad a la restauración del estuario del río. Sugiere para hacer más efectiva la misión que se cree un ente que, basado en la aplicación de la Directiva Marco del Agua de la Unión Europea, coordine las acciones y garantice la gestión en coordinación con el Espacio Natural de Doñana.

La obra que impulsa la Autoridad Portuaria de Sevilla ha cosechado no sólo las críticas ecologistas sino también de las organizaciones de regantes de Huelva y Sevilla.