Mesa de la Ría ha presentado una treintena de propuestas al nuevo PGOU de Huelva. La formación sostiene que "uno de los pilares fundamentales que propone es la participación ciudadana. Para esta nueva andadura, los integrantes de esta organización ven indispensable que sean los propios ciudadanos lo que dicten los designios de la ciudad".

Otra de las aportaciones que Mesa de la Ría formula es la recuperación de la avenida Francisco Montenegro, ya que a su juicio “estos terrenos constituyen un área de oportunidad, un valioso activo para el futuro de Huelva por ser uno de los lugares más privilegiados y con mayor potencial para el desarrollo económico y social de la ciudad”. Por eso, este colectivo no está de acuerdo con la construcción de una Zona de Actividades Logísticas (ZAL) como tal, porque incumple la Ley de Gestión integrada de calidad ambiental (GICA). Además, "una de las formas más significativas para acabar con los lastres ambientales que plantea Mesa de la Ría para la redacción de este nuevo documento es la creación de un órgano interadministrativo. Una propuesta para la transformación y la diversificación económica de la ciudad".

También, esta organización expone en sus alegaciones la necesidad de descontaminar los suelos como actividad económica de futuro. Huelva, según Rafael Gavilán, portavoz de Mesa de la Ría, “podría abanderar, a nivel mundial, una industria tecnológica de descontaminación y reutilización de suelos”. Las marismas del Tinto y las balsas de fosfoyesos son parte fundamental de la lucha de Mesa de la Ría. Desde sus inicios, esta plataforma busca la total recuperación de estas zonas para que las generaciones futuras puedan disfrutar de unos espacios naturales regenerados.

Los cabezos también son seña de identidad de Huelva y cuentan con un valor natural, paisajístico, arqueológico y geológico de alto calado, por lo que Mesa de la Ría "trabajará por su defensa". La peatonalización integral de la ciudad, comenzando por los barrios, la disminución paulatina del tráfico, el fomento del uso de la bicicleta o la recuperación de los senderos y las vías pecuarias son también iniciativas por las que trabajar.