El Monumento a Colón viene mostrando a la vista de todos un deterioro evidente por grietas y la suciedad que de nuevo acumula en el capote marinero que lo cubre y en sus brazos. En el último año se ha podido observar que las grietas han ido en aumento y en algunos casos afectan a una parte importante de algunos sillares, que muestran el desprendimiento producido por la oxidación de las grapas que los sujetan. Las grietas afectan principalmente a la parte del basamento e incluso a uno de los relieves de las esquinas, eso es lo que al menos se se ve a pie de monumento. Todo hace pensar que no se han llevado a cabo las tareas de mantenimiento del monumento previstas tras la restauración de emergencia realizada en 1999 por Cultura y que aconsejaban la limpieza con biocidas para eliminar hongos y el tratamiento hidrorepelente, que en opinión de los técnicos debe hacerse cada cinco años para mantenerlo en buen estado.

El Monumento a Colón ha sido restaurado en dos ocasiones, la primera de ellas en 1982. Surge a iniciativa de la Real Sociedad Colombina Onubense que en 1975 detecta signos de ennegrecimiento en la piedra. Las obras las realiza la Diputación Provincial de Huelva y consiste en la limpieza y reposición de piedra procedente de la cantera de Niebla de donde en su día salieron los sillares para levantar la escultura colombina. En aquella restauración se comprobó la solidez del monumento.

Quince años después fue necesaria una nueva restauración. Volvió a saltar la alarma con el desprendimiento de parte del codo izquierdo del monumento y fue necesaria la actuación de los bomberos a primeros de octubre de 1997. En enero de 1998 la Academia de Buenas Letras, Bellas Artes y Ciencias de Huelva (entonces en gestación, hoy es la Academia Iberoamericana de La Rábida), hace público un informe en el que señala la oxidación de las espigas metálicas internas como causantes del desprendimiento en los sillares, además de los efectos nocivos de salinidad del mar y la contaminación atmosférica.

Después de varios informes técnicos es la Consejería de Cultura la que asume la restauración del Monumento a Colón, un proyecto en el que cuenta con el apoyo económico del Puerto de Huelva y de la Fundación Cajasol. En julio de 1998 Cultura se compromete en la inscripción del monumento en el catálogo general del Patrimonio Histórico Andaluz y a la elaboración por parte del Instituto Andaluz del Patrimonio Histórico del pliego de prescripciones técnicas para el proyecto de intervención. En 1999 se acometen las obras en el Monumento a Colón, que serán consideradas de emergencia por Cultura.

El arquitecto director de la restauración, Pedro Rodríguez Pérez, hizo un estudio diagnóstico bastante concienzudo. Se habla de zonas incompletas por desprendimientos puntuales de sillares, especialmente en las aristas superiores de los brazos de la cruz y en el codo izquierdo del coloso, grietas más o menos verticales que recorren parcialmente la estatua, partiendo de los bordes anteriores o algunos pliegues de la capa, y elevándose a veces más de una hilada de sillares. Depósitos negruzcos en pequeña y diversa proporción, distribuidos sobre todo en la espalda de coloso, que en la zona de apoyo de la capa se acompañan de una película de color verdoso, que indica la presencia de microorganismos. En el informe de intervención que realiza la empresa encargada de las actuaciones, se deja claro también atendiendo al estudio del IAPH la presencia de grietas y fisuras de diversa consideración en la rodilla izquierda, en capa por encima de la rodilla izquierda, en capa por detrás de la zona del corazón, detrás del pie izquierdo y hombro izquierdo, entre otras. Se habla también de las armaduras metálicas que están embebidas en la piedra, presentando signos de fuerte corrosión electroquímica que aumenta de volumen fracturando la piedra y desprendiéndola del resto. Así como el hecho de constatar el comienzo de disgregación de la piedra por el ambiente corrosivo al que está sometido, tanto marino como industrial, además de la suciedad en la misma.

En la actuación realizada se sanearon las piedras afectadas y se procedió a la limpieza, así como la limpieza de los aceros que quedaran al descubierto. Se indica en el informe que se estudiaría in situ la forma de detener la corrosión de los aceros internos, mediante alta presión o por otro procedimiento para llegar a una pasivación lo más efectiva posible aunque se indica que esto sería posible con un detenido estudio llegado el momento para posterior actuación general futura. En los trabajos se pudo comprobar el buen estado de la estructura interna del monumento. En agosto de 1999, en plenas Fiestas Colombinas, se descubre al Colón restaurado, limpio y saneado. Pero ya entonces la propia Delegación de Cultura advierte de que "a partir de ahora se debería hacer una restauración cada cinco años, para asegurar el buen estado de un monumento que simboliza la fe descubridora".

Visto el deterioro que ahora presenta, doce años después de la restauración, parece evidente que ha faltado el mantenimiento que los propios técnicos indicaron.

El arquitecto Pedro Rodríguez Pérez señala que "todos los hidrorepelentes tienen una caducidad de cinco años porque no hay un tratamiento definitivo". Recuerda que lo que se hizo en su momento fue una actuación de emergencia, "de lo contrario nos hubiésemos quedado sin monumento"; añade que es necesario un seguimiento para evitar otros deterioros. En su opinión la piedra con la que está realizado el monumento "se lleva bien con el mar porque procede de este", recordando así su característica fósil y su porosidad que facilita la salida del agua que entra disminuyendo su deterioro por la salinidad. "Es como un conglomerado de pequeños organismos, como una esponja pretificada"; por esto asegura que actúa mejor que otras piedras más calizas. El arquitecto señala que "aquí la atmósfera agresiva industrial continúa y el mar no toma vacaciones", por lo que considera fundamental realizar el mantenimiento oportuno.