El proyecto Doñana 2005 fue elaborado en 1999, justo un año después del desastre de Aznalcóllar, a través de un decreto-ley que aprobaba y declaraba de interés general las obras de regeneración hídrica del parque natural previstas. Ahora, tras 15 años, sigue todavía pendiente de su finalización, reclamada por los ecologistas hace años, a lo que se insiste en la preferencia por dar pasos seguros en un terreno, aseguran, que precisa del "principio de la prudencia" precisamente para preservar el entorno en uno de los sistemas hídricos naturales más complejos que existen.

El proyecto inicial contemplaba once actuaciones, de las que las ocho primeras suponían obras sobre el terreno dirigidas a la recuperación de aportes fluviales y la depuración de estas aguas. La mayor parte de ellas se han realizado en los últimos años. Ahora se está terminando de ejecutar la número 6, de la que se ha dado un primer paso con la permeabilización de la marisma de Caracoles, y está pendiente la número 5, que pretende la recuperación del Caño Guadiamar, en Villamanrique de la Condesa, con los aportes de los arroyos de la Cigüeña, Almirante Sajón y Juncosilla.

La primera actuación trataba de la restauración de los arroyos de Soto Chico y Soto Grande y del arroyo de la Laguna de los Reyes, con la expropiación de la finca Los Mimbrales.

La 2 se dedicó a la garantía de calidad de las aguas residuales vertidas históricamente a la marisma desde la aldea de El Rocío con la construcción de una estación depuradora. La número 3, complementaria de la anterior, se centró en la restauración del arroyo del Partido, otro de los principales aportes hidrológicos de Doñana, debido al depósito progresivo de arena y otros sedimentos en su cuenca, que frenaban el avance a la marisma.

La actuación 4 se dedicó a la restauración de la Marisma Gallega recuperando su perfil original en pleno parque.

A éstas se suman la referida actuación 6, de recuperación del Caño Travieso, y la 7, de recuperación del Brazo de la Torre, más la 8, que contempla el control y permeabilización de la marisma frente al río, al Brazo de la Torre y a Entremuros.