En el año 2006 se incendiaron 203,8 hectáreas del Espacio Natural de Doñana según consta en la Memoria anual del equipo de gestión. Este número de hectáreas se corresponde con un total de 14 incendios, de los que una decena surgieron en lo que anteriormente se denominaba Parque Natural y que destruyeron 190,6 hectáreas del total. Mientras que los otros 4 restantes fueron en terrenos del Parque Nacional, donde quedaron arrasadas 13,2 hectáreas.

La mayor parte del terreno que ardió forma parte de la provincia de Sevilla con 185 hectáreas afectadas, frente a las 18,8 hectáreas que ardieron en la provincia de Huelva. Sin embargo, los cuatro fuegos que se originaron en terreno de reserva afectaron a terrenos onubenses. Destacar que en la provincia de Cádiz no se registró ningún siniestro, aunque también es cierto que precisamente ésta es la que menor superficie aporta a la Reserva de la Biosfera.

El detalle de los incendios en la zona de reserva implica a las hermandades rocieras en su peregrinación a la tradicional romería de El Rocío. Concretamente, en dos de los cuatro incendios del interior de Doñana. Estos dos siniestros sumaron 8 de las 13,2 hectáreas que ardieron en el interior del parque, lo que representa el 60,6% del terreno que se quemó en la reserva de Doñana. Mayoritariamente forman parte del término municipal de Almonte.

Los dos fuegos por "negligencia" de los romeros surgieron en los primeros días del mes de junio coincidiendo con el paso de las hermandades gaditanas tanto en su camino de ida como en el camino de regreso de la romería.

Uno de ellos, el ocurrido el 7 de junio, llegó a arrasar hasta 7,2 hectáreas de terreno. Unos días antes, el 1 de junio, tuvo lugar otro fuego que dio origen a tres focos en la misma zona del parque, aunque estos no pasaron de ser conatos.

Todos los focos surgieron, precisamente, por un cigarrillo mal apagado, según se desprende de las investigaciones realizadas por efectivos especializados. Ésta fue la causa más probable, según consta en el informe de Doñana, que originó los tres focos que se detectaron el 1 de julio de 2006, coincidiendo con el paso de la Hermandad de Sanlúcar de Barrameda por Doñana. Los tres surgieron en la zona conocida como Cerro del Trigo y más concretamente en la finca de Marismillas. La Memoria especifica, además, que dos de ellos fueron en el camino de Vetalengua.

El segundo incendio (7 de junio) en terreno de alta protección tuvo lugar durante el camino de vuelta de la misma hermandad gaditana. También comenzó en el Cerro del Trigo, junto al Rincón del Sotillo en la misma finca de Marismillas.

La rápida actuación de los efectivos del operativo Plan Infoca, que acompaña a las hermandades rocieras, hizo que las llamas se atajaran con rapidez. Aún así los incendios tardaron entre dos y cuatro horas en ser extinguidos. La franja horaria en la que surgieron los fuegos fue entre las 14.00 y las 17.30 horas. Y la mayor parte del terreno afectado por estos incendios fue de pino piñonero, lentisco y matorral.

Los otros dos fuegos que tuvieron lugar en el interior de Doñana se originaron también por imprudencias. Uno de ellos fue un conato en el que ardieron 0,04 hectáreas y el otro arrasó casi 5 hectáreas. El primero fue el 19 de abril, tuvo lugar en la finca El Rincón y se originó como consecuencia de una hoguera mal apagada de una acampada ilegal, cuyos autores no pudieron ser identificados. El terreno afectado fue, en su mayoría, matorral y tocones de eucalipto.

El que más daños causó tuvo lugar el 19 de julio en la zona conocida como Caño de las Cangas, junto a la Reserva Biológica de Doñana. Según consta en la Memoria, se originó por un fallo en la detonación de un cartucho de pólvora para el lanzamiento de redes de cañón empleadas para la captura de milanos. Esta actividad se enmarcó dentro de las labores de seguimiento y vigilancia contra la gripe aviar efectuadas por el personal de la Estación Biológica de Doñana.

El operativo que actuó tardó hora y media en controlar las llamadas. El terreno, que quedó dañado, fue vegetación de pastizal y juncal fundamentalmente, aunque las llamas también llegaron a un alcornoque.

De las 190,6 hectáreas de terreno que se incendiaron en la zona abierta al uso público del Espacio Natural de Doñana, la mayor parte del terreno (185 hectáreas) es propiedad de la Junta de Andalucía y está en la provincia de Sevilla. De las 5,6 hectáreas que ardieron en la provincia de Huelva, el 66,6% es de propiedad municipal y el 33,3% restante es terreno privado.

Destacar también que todos los fuegos que se localizaron en Huelva fueron intencionados mientras que los que surgieron en la provincia de Sevilla fueron intencionados en un 85,7% frente al 14,2% que surgieron por negligencia.

La Memoria de Doñana detalla en este apartado que dos de los incendios de Huelva surgieron a raíz del conflicto en la Raya Real cuando la Junta prohibió el paso de vehículos no autorizados. También el "gamberrismo" y la oposición al parque está detrás de cuatro de los 7 incendios que se localizaron en la provincia de Sevilla.