Uno de los cambios más significativos que atestiguaban  en la década de los 90 que Huelva había conseguido su Universidad era la transformación del Carmen, que también supuso un cambio urbanístico en la capital. Los antiguos cuarteles -pocos se salvaron- fueron dando paso a facultades y otras dotaciones. Los terrenos fueron comprados por la Junta de Andalucía al Ministerio de Defensa. Posteriormente, el Ayuntamiento cedió más superficie.    Oficialmente, el Campus del Carmen fue inaugurado por el presidente de la Junta de Andalucía, Manuel Chaves, el 15 de marzo de 2002.

El cambio de siglo y de milenio trajo turbulencias a la joven UHU. La lucha por una suficiente financiación se extendió entre 2000 y 2002. La Onubense sentía que se le estaba discriminando en relación a las inversiones que debía recibir para su expansión, así como en el dinero destinado para cada alumno.

Ante la situación,Ramírez de Verger, que siguió como rector a Francisco Ruiz Berraquero, se puso enfrente de la reivindicación, aunando a todo el colectivo universitario y a buena parte de la clase política y social. Todo ello dio como fruto un repertorio de movilizaciones. El acuerdo de financiación con la Junta se alcanzó, finalmente, a principios de 2002.

El décimo aniversario de la UHU fue el momento de hacer un primer balance y se le consideró el año de la consolidación.

15.000 egresados

En sus primeros diez años, la Onubense ya contaba con 15.000 egresados de los que el 60% eran de primera generación; es decir, los primeros en sus núcleos familiares con estudios superiores.

La UHU ya tenía en aquel entonces 33 titulaciones y la perspectiva del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) o Plan Bolonia que se haría realidad casi una década después.

Con Francisco José Martínez como rector, el capítulo de las infraestructuras siguió adelante,  confirmándose la prioridad del Carmen sobre La Rábida. Derecho dejó La Merced y allí se fue LADE. Se prevé que más o menos pronto  la Escuela Politécnica también se traslade al campus aledaño a la avenida de Andalucía.

Campus de excelencia

Las universidades, y la Onubense no es una excepción, se han visto implicadas, en los años más recientes, en la carrera de los campus de excelencia internacional (CEI). Con éstos pretenden asegurarse una financiación para proyectos de investigación e infraestructuras.

En 2009, la UHU se vio incluida en su primer campus de excelencia, el agroalimentario, liderado por laUniversidad de Córdoba. A partir de aquel año, la UHU no ha cesado de presentar candidaturas compartidas con otras instituciones docentes andaluzas o a nivel nacional. En la actualidad, está presente en cuatro. Aparte del agroalimentario (ceiA3), la Onubense está integrada en elCampus del Mar, que junto al ceiA3 cuenta con el reconocimiento del Ministerio de Educación.

Los otros dos son CamBio y Patrimonium10 que, pese a no haber recibido el reconocimiento en sus convocatorias respectivas, sí tienen respaldo económico de la Junta de Andalucía.