La Diócesis de Huelva figura en cinco ocasiones en el informe sobre bienes inmatriculados por la Iglesia Católica que fue entregado por parte de la Conferencia Episcopal al Ejecutivo y en el que se reconocen errores en sus respectivas inscripciones o, en los términos utilizados por el Obispado de Huelva, "incidencias". Según reconocieron fuentes de esta institución a Huelva Información, "el informe del Gobierno al Congreso se basa en las inmatriculaciones de la Iglesia entre 1998-2015. De los 226 que se refieren a Huelva en ese informe, cinco quedarían fuera: los dos primeros  en Berrocal, no son de titularidad de la Iglesia; y los otros tres en Ayamonte, siendo de titularidad de la Iglesia, no fueron adquiridos por este procedimiento de inmatriculación entre 1998 y 2015".

En concreto y en el caso de la Iglesia Católica en Huelva, "de los 226 registros que aparecen en el informe que el Gobierno presentó al Congreso de los Diputados, son 221 los que realmente constan como inmatriculados por la Iglesia en ese período".

En el capítulo séptimo del documento se reconoce que hay "dos propiedades en Berrocal que tienen otra titularidad, es decir, que no pertenecen a la Iglesia". En el documento consultado por Huelva Información, figuran como dos fincas, una urbana y otra rústica registradas en Valverde del Camino. De la primera de ellas se indica en las observaciones que fue dada de "baja por un error en la inscripción de la propiedad" por lo que figura como "cancelada". En la segunda, se especifica que se ha producido una "inmatriculación 2000, tiempo inmemorial y vendida al Ayuntamiento en 2008".

Sobre las tres propiedades de Ayamonte, el Obispado reconoce que "siendo de titularidad de la Iglesia, han sido adquiridos por otro procedimiento distinto a la inmatriculación en el período 1998-2015, según se recoge en el capítulo octavo del informe". En esta ocasión se trata de la iglesia de San Vicente cuyo titular es la Diócesis de Huelva y que se adquirió por "permuta con el Ayuntamiento" ayamontino. A ésta hay que añadir los salones parroquiales y el templo de San Antonio, en cuyas observaciones figura como "agrupación y obra nueva" según el informe.

Ermita de San Antonio en Ayamonte.

Según reconocieron a Huelva Información fuentes del Obispado de Huelva "lo que ha hecho la Iglesia es informar al Gobierno sobre los errores que había en el informe que el propio Gobierno había realizado. El trabajo realizado ha detectado una serie de incidencias. De los 34.976 registros incluidos en el listado, se han verificado de manera correcta un total de 32.401 por las diócesis respectivas.  Unas 1.500 incidencias se refieren a bienes que siendo de la Iglesia no corresponden al período 1998-2015 (746 bienes); no han sido registrados por certificación sino por título de propiedad, contrato de compra-venta o herencias; o son duplicados, es decir, aparecen más de una vez la misma propiedad (111 bienes).

Por otro lado, aparecen unas "mil incidencias que directamente son fallos de titularidad, es decir, a la Iglesia no les consta que sean de su propiedad. Este dato ha sido mal interpretado por algunos medios de comunicación confundiendo a la opinión pública, haciendo creer que la Iglesia admitía o reconocía estar en posesión de mil bienes que no eran suyos y que, por tanto, los devolvía. Sin embargo, la Iglesia lo que ha hecho es dar a conocer que estos bienes atribuidos a la Iglesia por el informe presentado por el Gobierno al Congreso de los Diputados, no hay constancia de que pertenezcan a la Iglesia".