La baja de María Núñez Bolaños es la segunda que se produce en el juzgado de las macrocausas, después de que la anterior titular, Mercedes Alaya, estuviese casi seis meses sin acudir al juzgado debido a problemas de salud. Alaya estuvo de baja en plena instrucción del caso de los ERE, entre el 12 de septiembre de 2012 y el 5 de marzo de 2013, y en ese tiempo, el Tribunal Superior de Justicia de Andalucía (TSJA) decidió nombrar como refuerzo a dos jueces de adscripción territorial (JATS), Rogelio Reyes y Ana Rosa Curra, con la idea de que que siguiese la instrucción de estos macroprocesos.

A su regreso, Alaya asumió de nuevo la investigación y comunicó al TSJA que no quería ninguno de estos dos refuerzos. Alaya llegó a comentar, en petit comité, que los jueces de refuerzo le habían "invadido" su despacho y habían metido mano a sus asuntos. La juez se reunió entonces con Ana Rosa Curra y con Rogelio Reyes para tratar, supuestamente, la redistribución del trabajo. Tras esa reunión, de la que Ana Rosa Curra salió muy molesta, los tres jueces se reunieron con el presidente del TSJA, Lorenzo del Río, que se había desplazado a Sevilla para intentar suavizar la tensión que se había producido con los magistrados de refuerzo.

La idea del TSJA era que entre los tres jueces se repartieran la instrucción de las macrocausas -entonces Alaya también estaba investigando el delito societario del Real Betis, que acabó con una sentencia absolutoria-, pero el presidente del Alto Tribunal andaluz se topó con la cruda realidad. Alaya no estaba dispuesta a ceder ninguna de las macrocausas a los jueces de refuerzo.

Al final, el TSJA retiró a Ana Rosa Curra del juzgado de Alaya, quien dos meses después llegó a prometer a Lorenzo del Río que acabaría la instrucción de una de las macrocausas antes del verano. Cosa que nunca ocurrió.