La Universidad de Huelva ha realizado una revisión arqueológica de la ciudad romana de Onuba a raíz de los más recientes hallazgos y de la valoración de las fuentes historiográficas, concluyendo que la ciudad en época romana no fue, como se afirmaba en anteriores investigaciones, un pequeño núcleo agrícola o un puerto de pescadores de escasa importancia, por el contrario, la estructura urbana que se deduce de esta nueva interpretación que realiza el doctor Juan Manuel Campos Carrasco, de la Universidad de Huelva, lleva a considerar a Onuba como una de las ciudades principales situadas en la periferia occidental de la Bética, la cual había heredado la situación estratégica y las posibilidades de explotar los recursos que antes hicieron del asentamiento portuario de la Ría de Huelva uno de los centros hegemónicos de la Tierra Llana de Huelva.

Los restos de ocupación de las zonas altas de la ciudad, que se han perdido para siempre pero que han quedado recogidos en los testimonios historiográficos, indican que gran parte de Onuba se extendía por los desaparecidos cabezos de El Molino y de San Pedro, heredando la ciudad romana-republicana el lugar ocupado ininterrumpidamente desde el segundo milenio a.C. Prueba de ello es que los materiales correspondientes a esa fase sólo han aparecido claramente representados en el cabezo de San Pedro, con un buen número de cerámicas fechadas desde el siglo III a.C, en este mismo lugar, donde se localizaron elementos constructivos in situ aunque ya imperiales, también el cabezo de la Esperanza, aunque la mayor parte de ellos correspondientes a necrópolis.

Por el contrario las excavaciones en las zonas bajas en las calles Tres de Agosto, Placido Bañuelos, Puerto, Fernando El católico, Pérez Carasa o plaza de las Monjas, aunque con alguna presencia de material republicano en las zonas adyacentes a los cabezos, evidencian fases de ocupación de época imperial a una cota más alta que la protohistórica que extiende por debajo de la actual de más de 10 metros, con lo que como las factorías de salazones, de las que se han detectado varias en la ciudad, debían situarse en un lugar inmediato a la línea intermareal, se ha interpretado que este hecho se debe a la existencia de un ascenso del nivel del mar en época histórica que redujo la posibilidad de asentamiento estable más al sur, hacia la marisma, según el mismo estudio de Juan Manuel Campos.

De esta forma, mientras que la ciudad republicana se mantuvo en las zonas altas, tal vez desde Augusto la ocupación romana podía incluir además del recinto previo que se extendía por los cabezos de San Pedro, Molino de Viento y quizás en el de El Cementerio Viejo, una remodelación de las zonas más bajas, existiendo también ocupación en la parte alta de la actual calle Puerto, plaza de San Pedro-plaza de la Soledad, Pablo rada, La Fuente, Tres de Agosto, Palos, Fernando El Católico, plaza de las Monjas y Pérez Carasa. Esta área señala, según el estudio de la Universidad, aparece claramente delimitada por las necrópolis de Plácido Bañuelos-San Andrés-plaza Ivonne Cazenave al norte, La Esperanza y Palos-San Francisco al este y la recientemente localizada de Vázquez López al sur, además de por las factorías de salazones excavadas en la zona sur en los años 70. A esta zona de factorías habría que sumar los hallazgos de plaza de las Monjas y arquitecto Pérez Carasa, que podían relacionarse con una zona cercana o periférica de las posibles instalaciones portuarias, muy en conexión con el estero de La Calzadilla situado al sureste, que hasta el siglo XX era navegable por barco de pequeño porte, cegado por la Compañía de Río Tinto en 1891.

Otro dato que apoya el recinto propuesto por el equipo de investigación de la Universidad de Huelva lo constituye la existencia de la portada de la villa, en pie hasta el siglo XVIII, considerada con bastante fundamento, de época romana. Situada en la zona denominada, todavía a comienzos del siglo XX, Cruz de la Cuesta, que podría ser una trama de subida a la acrópolis, según fue interpretada en el diseño del primer escudo heráldico de Huelva que nos ha llegado y otros del siglo XIX con modificaciones que parecen menos reales a que ya no existía ésta.

De todo ello, resulta un hábitat de cierta importancia que, además de en las alturas mencionadas, se extendía por las faldas del espacio llano situado entre dichos cabezos, fundamentalmente por el lugar ocupado por la villa de la Edad Moderna. Este recinto tendría una entrada por la actual calle de San Sebastián que perpetúa el camino romano de salida de la ciudad y que conduce a Niebla, otra por la calle San Andrés o bien por Plácido Bañuelos, y especialmente por la cuesta empedrada existente entre el perdido Cabezo del Molino de Viento y el de San Pedro, donde existe constancia de una puerta monumental. Hacia el sur quizás el límite estaría en la prolongación de lo anterior hacia la actual plaza de las Monjas, donde noticias orales de la aparición de restos escultóricos en el lugar donde está el Banco de España así lo confirmarían. Los cuatro puntos anteriores propuestos por Juan Manuel Campos, dibujan un trazado en cuyo interior y exterior puede apreciarse el trazado de los principales ejes viarios de la ciudad y su continuación hacia el exterior y que son especialmente perceptibles en el parcelario y curvas de nivel en planos que se conservan de 1870.

Para este asentamiento de altura, ocupado sin solución de continuidad desde, al menos, los comienzos del I Milenio a.C., relacionado con la importancia de su puerto como lugar de salida de los metales del Cinturón Ibérico de Piritas, se construyó el acueducto nombrado reiterativamente, del que también se beneficiarían huertos y campos de cultivo del entorno.

El hecho de que acuñara monedas en época republicana con espigas y el nombre de la ciudad como emblema, podría indicar en opinión de Campos Carrasco, podría indicar la adscripción agropecuaria de este oppidum durante el lapso de tiempo en que parece que se evidencia la crisis del comercio de la plaza en el Suroeste desde mediados del milenio, pero no está demostrado que los emblemas tengan que ser relacionados con la principal actividad económica de la ciudad que los adopta en sus monedas.

No obstante, la periferia de la Onuba romana estaría rodeada de multitud de explotaciones agrícolas, algunas de las cuales se están localizando recientemente e incluso una de ellas, La Almagra, ha sido objeto de una amplia campaña de excavación. Muchos de estos asentamientos han debido desaparecer en épocas recientes a juzgar por noticias de este siglo.

La adscripción minero-metalúrgica del hábitat romano de Onuba, aunque en la ciudad no hayan aparecido escorias de este período, está suficientemente explicada por el hallazgo del lingote de plomo con inscripción de Marsella, puesto que desde Augusto cuando se impulsaría la explotación de los minerales del Cinturón Ibérico de Piritas, que se mantuvo activa hasta el siglo III d.C., siendo el puerto de Huelva la salida natural del metal elaborado a pie de mina. Por otra parte, las factorías de salazón documentadas implican la vinculación de Onuba a una más de las estrategias productivas lucrativas imperantes en la costa atlántica desde épocas anteriores.

Ante este recorrido por la ciudad romana de Onuba, Juan Manuel Campos sostiene que esta fue una de las ciudades principales situadas en la periferia occidental de la Bética, la cual había heredado la situación estratégica y las posibilidades de explotar los recursos que antes hicieron del asentamiento portuario de la Ría de Huelva, uno de los centros hegemónicos de la Tierra Llana de Huelva. De ninguna forma puede mantenerse que Onuba únicamente fuese un pequeño núcleo agrícola o un puerto de pescadores de escasa importancia; la estructura urbana que se deduce de la interpretación anterior no hace sino reforzar que el oppidum descrito por Plinio pudiera haber alcanzado ya su status coloniae en época de Augusto.