Los tribunales daban la razón a Endesa y ratificaban la continuidad de la central de ciclo combinado de la Punta del Sebo. El Tribunal Superior de Justicia de Andalucía (TSJA) fallaba de esta manera a favor de la eléctrica en el denominado 'caso Endesa' y consideraba que la licencia de obras para la construcción de la central fue denegada indebidamente, por lo que ordenaba al Ayuntamiento de Huelva a otorgar la licencia de obras y reconocer el derecho de la compañía a ser indemnizada por los perjuicios causados.

La sentencia del TSJA ponía fin a cuatro años de deliberaciones en torno al caso Endesa. Éste comenzó a finales de 2003, cuando el Ayuntamiento de Huelva denegó la licencia de obras a la compañía para la construcción de una central de ciclo combinado en la Punta del Sebo que sustituiría a la vieja térmica. El Consistorio alegó como motivos para el rechazo la carencia de la documentación necesaria para la concesión y que la edificación de un ciclo combinado iba contra el Plan General de Ordenación Urbana, ya que se trataba de una instalación nueva . Desde el Consistorio se proponía buscar otra ubicación para la central. Frente a ello, Endesa anteponía que la instalación no era nueva, sino una modernización de la ya existente, pero además alegaba que se había producido silencio administrativo en la tramitación de la licencia de obras al no haber contestado la Gerencia de Urbanismo en el plazo de tres meses. De ahí que entendiese otorgada la licencia.

El caso creó un auténtico cisma en la ciudad, con declaraciones cruzadas, el endurecimiento de la relación entre el Ayuntamiento de Huelva y la industria y un recurso contencioso de Endesa que tenía sus primeros resultados en octubre de 2004, cuando el TSJA concedía a la empresa las medidas cautelares solicitadas y le permitía construir una central considerada de interés general. Cuatro años después de interponerse el recurso de Endesa ante los tribunales, estos le dan la razón a la eléctrica en todas sus consideraciones. Así, el juez hace un recorrido por los informes positivos obtenidos por la instalación de forma previa a la petición de la licencia de obras y llega a una conclusión "contundente: el proyecto de Endesa es de modernización y renovación de la actual central térmica para su reconversión a ciclo combinado".

La sentencia en contra del Ayuntamiento de Huelva resultaba un varapalo judicial, pero también económico, contra la Administración local, ya que el juez considera probado que la decisión municipal de denegar la licencia de obras ha supuesto un perjuicio para la empresa, por lo que reconoce el derecho de ésta a una indemnización de daños y perjuicios por un importe por determinar, que se estimaba en más de siete millones de euros. Desde entonces se está a la espera de un recurso y a que las partes se pongan de acuerdo, estando la empresa dispuesta a dialogar. Al final pasaron los meses y el Ayuntamiento presentaba un recurso de queja ante el Tribunal Supremo contra la sentencia, tras recibir la notificación del Alto Tribunal andaluz en la que comunicaba la no admisión del recurso de casación ante el Supremo en contra de su sentencia. Fuentes municipales indicaron entonces de que el objetivo de este recurso de queja es que el Supremo "admita el de casación, por entender que al TSJA no le corresponde la decisión de estimar o no el mismo, sino que, procesalmente, esta decisión es del Supremo".

La Audiencia Nacional dictaminaba a mediados de julio en contra de los apilamientos de fosfoyesos en las marismas, con lo que la sala de lo Contencioso-Administrativo ratificaba que la concesión administrativa que permite depositar estos residuos en las marismas del Tinto ha caducado, o lo que es lo mismo, que Fertiberia carecería de derecho a seguir apilando este subproducto industrial en una zona que es de dominio-público marítimo terrestre. Esa era la traducción de la sentencia que la AudienciaNacional comunicaba a los implicados en el caso, un dictamen que desestimaba el recurso interpuesto por Fertiberia cuando el Ministerio de Medio Ambiente determinó la caducidad de la concesión. La Audiencia Nacional se pronunciaba así a favor de la actuación de la Dirección General de Costas en un asunto que viene coleando desde la década de los 90.

Fue entonces cuando se inició el expediente de caducidad de la concesión administrativa que Fertiberia tenía para el depósito de los fosfoyesos en la marisma, una concesión obtenida a finales de los 60 y con un plazo de 99 años. Pero que se encontró con una nueva Ley de Costas con un plazo máximo de concesiones de 30 años y que además recogía la posibilidad de extinguir la concesión en caso de incumplimiento de las condiciones establecidas cuando se otorgó la misma, motivo aducido por la Dirección General para extinguir esa concesión.

La Audiencia Nacional da la razón a Costas y considera que efectivamente esos incumplimientos existen, a pesar de los argumentos en contra presentados por la empresa. Una polémica con largo recorrido, por cuanto de ejecutarse la sentencia tal y como está palnteada sería el fin de la actividad de la empresa en la avenida Francisco Montenegro. Una decisión que afectaría de forma directa a otras cuatro empresas, caso de Foret y la fábrica de Rhodia, que emplea en su proceso productivo 60.000 toneladas anuales de ácido fosfórico que ahora se vería obligada a comprar a otro productor y transportar hasta la fábrica. En el caso contrario se encuentra Atlantic Copper, la empresa química a priori más fuerte de la avenida pero que vende a Fertiberia 600.000 toneladas de ácido sulfúrico anuales, mientras otras 300.000 son adquiridas por Foret, por lo que tendría que buscar otro comprador para este subproducto del proceso de fundición. Igual ocurre a mucho menor escala con Cepsa, que vende a Fertiberia 14.000 toneladas anuales de azufre.

En resumen, son varias las empresas pendientes del futuro de las balsas de fosfoyesos tras una sentencia que podría adelantar un final anunciado. Lo que ha llevado a los trabajadores de la avenida Francisco Montenegro a expresar su inquietud, que llega hasta temer en el caso de los 354 empleados directos de Fertiberia (unos 700 si se tienen en cuenta los empleos indirectos), que reclamaban a la compañía que siga adelante en la defensa de sus intereses.

Las industrias químicas de Huelva lograron en el último ejercicio completo de 2006 un récord en el del valor de su producción, que sobrepasó los 6.200 millones de euros, incrementándose casi un 29 por ciento respecto al año anterior. En un contexto económico boyante, el alza de los precios de los productos de las empresas agrupadas en la Asociación de Industrias Químicas y Básicas (AIQB) unida a un mejor aprovechamiento de las capacidades productivas provocó este fuerte aumento del valor de la producción. En él tuvo mucho que ver el buen comportamiento de los precios del cobre, la energía eléctrica o los derivados del petróleo, que impulsaron el valor de la producción hasta suponer un 13,5 por ciento de la producción industrial regional. El refino de petróleo y gas natural fueron las actividades más importantes por su peso en la producción, con un 42,5 por ciento del total del valor, que supone incluso un crecimiento respecto a años anteriores. En cuanto a la exportación, sólo el 23,3 por ciento de la producción salió al exterior, mientras que los intercambios entre las industrias de la AIQB estuvieron en un 11,4 por ciento del valor de la producción.

Buena marcha de las empresas de la AIQB que se reflejó igualmente en el empleo, alcanzando un total de 6.748 trabajadores directamente relacionados con la actividad industrial, aunque menos de 3.500 pertenecen a las plantillas de las empresas. Sobre las condiciones laborales del personal en plantilla, el 95 por ciento contó con un contrato indefinido y el coste salarial por trabajador ascendió a 40.069 euros. Cifras superiores a la media de las industrias de su ámbito". En cuanto al Valor Añadido Bruto, las industrias de la AIQB generaron 693 millones de euros en 2006. Datos por los que el presidente de la AIQB, Gerardo Rojas, destacaba la importancia del sector como "uno de los pilares fundamentales para el futuro de Huelva y su entorno", por el peso de la industria en la economía provincial.