Aunque son las afecciones ambientales las que más suspicacias han despertado respecto al proyecto de los puentes (Ecologistas en Acción se ha mostrado en contra), la construcción de la nueva infraestructura también tendrá que tener en cuenta la importancia arqueológica tanto de la Ría de Huelva como de las islas de Marismas del Odiel, con una especial atención al yacimiento de Isla Saltés.

Así lo destaca el informe arqueológico preliminar elaborado para el anteproyecto de los puentes. Los especialistas de la Universidad de Huelva que lo han elaborado llaman la atención sobre la importancia de los restos localizados en esta isla, en la que los restos arqueológicos de mayor entidad se asocian con la última fase de ocupación de una ciudad islámica de los siglos XII y XIII (trazados de calles, plazas, casas, una alcazaba o los restos de cerámica, ladrillos o tejas), pero en la que también se han encontrado evidencias de una ocupación temprana de la isla, desde el siglo VII antes de Cristo. Y por todo ello los arqueólogos reclaman ejecutar no sólo un proyecto integral y extensivo de prospección arqueológica de la zona, algo que consideran necesario para todos los restos emergidos, sino también una prospección subacuática en su perímetro "dada la existencia de noticias históricas que sitúan muy puntualmente el desarrollo de batallas de la Isla Saltés, de donde no se puede descartar la existencia de pecios antiguos".

Con estos trabajos se trataría de preservar al máximo el yacimiento de Isla Saltés, recordándose al mismo tiempo que esta isla está incluida en la Zona Arqueológica de Huelva, quedando prohibidas las remociones de tierra en ella, aunque el área de reserva arqueológica está muy delimitada, lo que permitiría al proyecto ajustarse a las coordenadas en las que es posible la intervención.

Más allá de Isla Saltés, el informe arqueológico también recomienda preservar las salinas de la Isla de Bacuta, como parte del patrimonio etnográfico, y la Ría de Huelva, "uno de los espacios más sensibles del patrimonio arqueológico del Suroeste" por ser una vía de comunicación histórica y también por el deterioro de los restos existentes. En este sentido, se recomienda ampliar la documentación disponible sobre las prospecciones subacuáticas, realizar una nueva prospección y un seguimiento arqueológico directo de los trabajos de dragado y adecuación de pilares o de cualquier trabajo que implique la alteración del fondo sumergido. En el mismo sentido (estudio y control) se pronuncia respecto al litoral de Punta Umbría.

Y ya en materia medioambiental, se constata según la documentación recogida en el anteproyecto que será necesario un cambio en el Plan Rector de Uso y Gestión de Marismas del Odiel, en el que se prohíbe la realización de actuaciones de infraestructuras que alteren las características territoriales o paisajísticas del Paraje.