El juez de la Audiencia Nacional, Baltasar Garzón, afirma que el "alzamiento o insurrección armada" del 18 de julio de 1936 fue "una decisión perfectamente planeada y dirigida a acabar con la forma de Gobierno en España, atacando y ordenando la detención e incluso eliminación física de personas que ostentaban responsabilidad en los altos organismos de la Nación", una eliminación que continuó en mayor o menor medida al acabar la guerra. El auto de Garzón revela por provincias las cifras de desaparecidos entre el 17 de julio de 1936 y diciembre de 1951 y apunta que en Huelva fueron 3.805 personas.

La información aportada por la Asociación Memoria Histórica al juez explica que las fosas y enterramiento más grandes localizados en la provincia de Huelva se encuentran en los cementerios y aledaños, sobre todo de las comarcas de la Sierra y la Cuenca Minera.. En Aracena ubican los restos de más de 150 personas fusiladas, en Aroche más de un centenar, en El Campillo, 300 y en Huelva sitúa miles de represaliados. Otra de las zonas subrayadas en rojo es Nerva, con más de un millar de cuerpos; Riotinto, 300, Rosal, más de trescientos y Valverde, 150. Por comarcas, la Sierra de Huelva, que sufrió una feroz represión de los falangistas y la Columna de la Muerte enviada por Queipo, acoge 33 fosas, el Andévalo 44, el Condado 30 y once la Costa. Un total de 118 fosas, 92 dentro de cementerios y 26 en el campo. El auto de Garzón numera 3.805 víctimas per otras fuentes casi duplican esta cifra.

Los colectivos de la Memoria de Huelva han solicitado a la Diputación Provincial que 'abra' su archivo a los investigadores pues en él se encuentran los documentos del archivo del Tribunal Militar Territorial 2ª con sede en Sevilladigitalizados. Los centenares de CDs guardan toda la documentación existente sobre los consejos de guerra sumarísimos que desarrolló la autoridad militar de Huelva entre los años 1936 y 1943 y que alcanzaron indiscriminadamente a más de cinco mil personas.