El verano de 1933 fue todo un ir y venir para hacer realidad el colegio Maristas que había demandado el arcipreste, Julio Guzmán. En estas gestiones estuvieron los hermanos Tarsicio y Cipriano José. Con todo preparado, la llegada del primer hermano Marista para la comunidad de Huelva se produjo el 6 de septiembre de 1933, a las doce de la mañana. La instalación del colegio fue en el antiguo de San Luis Gonzaga, que dirigía Miguel Borrero, y había cerrado. Estaba situado en la calle Colón, la actual Palos de la Frontera, junto a la Casa del Diablo (hoy ocupado su solar por el Colegio Oficial de Farmacéuticos).

El día 16 llegó el segundo hermano marista para estos inicios del colegio, el hermano Darío. En este mes tan especial para Huelva que lo dedicó a la Patrona del Conquero, los hermanos tuvieron ocasión de participar en sus cultos y dedicarle una novena. La primera intención era llamarle al colegio de Nuestra Señora de la Cinta, aunque según recogen las memorias del centro, "pensándolo bien pareció que lo mejor para el momento y también para el futuro soñando en la gran gesta partida de Huelva, sería el de Colón", no en vano el colegio estaba ubicado en la calle dedicada al almirante.

La puesta en marcha del colegio se dio a conocer el 26 de septiembre en el Diario de Huelva con el siguiente anuncio: "Colegio Colón, Primera Enseñanza. Queda abierta la matricula para este curso hasta el 12 de octubre inclusive (30 pesetas)". El día 2 de octubre dieron comienzo las clases, con siete alumnos.

El colegio fue creciendo y el primer gran salto tuvo lugar con la compra del antiguo Asilo de Ancianos, en la calle San Andrés. El traslado se produjo el 9 de abril de 1944, con procesión solemne del Santísimo a la capilla del centro educativo. Una gran etapa al ampliarse las posibilidades para la enseñanza. El Colegio Colón siguió creciendo en cuanto a su integración en la ciudad, cada vez fueron más las generaciones que pasaron por sus aulas.

El otro gran salto tuvo lugar con la construcción de un nuevo centro. El 27 de agosto de 1968, en la capilla del colegio de San Andrés se celebró una misa de acción de gracias por el tiempo aquí vivido y se cerraron definitivamente las instalaciones. El 7 de octubre de 1968 se puso en marcha el nuevo colegio; la consagración de la capilla fue el 6 de junio del año siguiente, por el obispo José María García Lahiguera.

En la actualidad el centro cuenta con 1.180 alumnos repartidos en las diferentes etapas de la enseñanza, desde Infantil, Primaria, ESO y Bachillerato.

Muchos momentos importantes se vivieron a lo largo de este tiempo, pero el más relevante sin duda fue la presencia del papa Juan Pablo II, hoy santo, en el colegio. Llegaba a Huelva el 14 de junio de 1993 para la clausura de los actos dedicados al V Centenario del Descubrimiento y la Evangelización de América. Lo hizo en helicóptero al campo de fútbol y subió hasta las pistas deportivas donde tantos alumnos pasaron por ella. Hoy ese encuentro con la comunidad Marista de Huelva y con todos los que forman el colegio Colón constituye uno de los grandes momentos que se recordarán siempre. Un azulejo en el patio habla de ese honor que tuvieron los Maristas: "Por primera vez en la historia el Papa Juan Pablo II pisó tierras onubenses en el patio de este colegio".