La Universidad de Huelva (UHU) se sitúa en el segundo lugar dentro del abanico de las universidades andaluzas en lo que respecta a la Calidad Científica Promedio (CCP). Así aparece en la última edición del estudio realizado por Scimago Institutions Rankings y que estudia no solo a estas instituciones docentes de Enseñanza Superior sino a otras, públicas o privadas, que tienen como ámbito de actividad la investigación.

El estudio incluye un total de 3.042 entidades de todo el mundo. La UHU ocupa el puesto 1.393 y el 59 a nivel nacional. El líder español en este aspecto es el Institut Catalá d'Oncologia que aparece en el lugar 33 a nivel mundial. Tras la Universidad de Córdoba, en el puesto 59 nacional, aparece Huelva como la segunda universidad andaluza.

La CCP es una de las variables incluidas en el informe de Scimago para valorar la calidad de la actividad investigadora que realiza una institución. Hace referencia al impacto científico de una institución tras dejar de lado la influencia que puede ejercer su tamaño y el perfil temático de la institución. De este modo, el CCP permite comparar la "calidad" de la investigación de instituciones de diferentes tamaños y con distintos perfiles de investigación.

Una puntuación de 0.8 significa que una institución es citada un 20% menos que la media mundial. Un valor de 1.3 indica que la institución es citada una 30% más que la media mundial. La UHU se sitúa con una nota de 1.16. En otras palabra, el CCP mide el impacto medio de una institución sobre la comunidad científica. Esto significa que la Onubense se encuentra por encima del promedio a nivel mundial.

El CCP es una de las variables más valiosas a la hora de realizar el perfil investigador de una institución, ya que trasciende las dimensiones de las diferentes entidades y relativizándolas, pone en su justo sitio a cada institución.

Hay que tener en cuenta que los informes Scimago se realizan teniendo en cuenta los datos cuantitativos de publicación y la citación. Para su elaboración se ha analizado toda la producción científica presente en la base de datos Scopus en el periodo 2005-2009 y se ha asociado cada publicación y cada cita encontrada a la institución correspondiente.

El estudio incluye otras variables como son la producción científica, la colaboración internacional o el nivel de excelencia. Scimago entiende que este último y el CCP son las dos variables más valiosas. El nivel de excelencia (ER) mide el porcentaje de producción de cada institución, que está incluido en el conjunto formado por el 10% de los artículos más citados en sus ámbitos científicos respectivos. De ahí la calificación de excelentes.

En ER, la UHU se sitúa en el cuarto lugar entre las universidades andaluzas, tras Córdoba, Granada y Sevilla. La UHU presenta un porcentaje del 13,25%, mientras que Córdoba tiene 17,73%.

Tampoco es desdeñable la producción de artículos científicos. En este apartado, Córdoba es también la primera, seguida de Granada. La UHU aparece como la cuarta con 1.392 artículos.

Las diferentes tablas clasificatorias que ofrece Scimago Research Group permiten realizar una aproximación más justa sobre el desarrollo, evolución y potencialidad de las universidades. Esto permite ver con más perspectiva el resultado que aparece en el ránking global en el que predominan las cifras. De este modo, la institución líder mundial es la Academia China de Ciencias. En el ránking de las universidades andaluzas, la UHU ocupa el último lugar.